从香港深圳湾口岸进入内地，乘港铁东铁线到罗湖站（或罗湖总站）下车，出站后过地下人行道即可看到通往香港罗湖火车站的指示牌和电梯； 或者乘港铁九广铁路到九龙塘站换乘观塘线(荃湾线)到中环街市站下，沿行人天桥可走到中环4号码头，乘渡轮过海到上环皇后码头，再换乘巴士或出租车去各酒店、机场等地。
从深圳湾口岸入境，乘B895大巴直达福田交通枢纽，然后可换乘地铁一号线世界之窗站或者二号线华强北站去各地。 或者从深圳湾口岸入境，乘b607到南山医院东站，同站换乘b688到科技园地铁站，也可直接乘坐出租去往市区各地。
双吴优质答主深圳地铁1号线，2号线，5号线，11号线，都可以直接去深圳湾口岸：
（1）深圳湾口岸C口直通西广场（公交车站旁），D、E口直通东广场，B口与深圳湾口岸出入境大厅相连接，该口岸毗邻世界之窗地铁站、华侨城地铁站、高新园地铁站、深康地铁站。
（2）乘坐地铁一号线往罗湖方向，可以从世界之窗站B出口出站，需步行约700米，到达深湾一路和创业路交汇处，再穿过多义桥底后右转直走，在深湾三路和创业路交汇处就可以看到深圳湾口岸了。也可以乘坐罗宝线（地铁一号线）在高新园站D出口出站，然后步行约900米，穿过多义桥后直走，即可到达。
（3）乘坐地铁二号线往赤湾方向，可以在海月站A出口出站，出站后需左转直走200米，再左转沿着沿江高速的人行道步行上行走400米左右，在深湾三路和创业路交汇处可以看到深圳湾口岸。
（4）乘坐地铁五号线往坂田方向，出站后需沿着深南大道向西直走500米，再右转进入沙河西路，然后继续直走200米后左转沿着创业路直走700米即可看到深圳湾口岸。
（5）乘坐地铁十一号线往松岗方向，可以在后海站A1出口出站，出站后需右转沿科苑南路直走300米，再转入沿海大道南行，再直走700米即可到达深圳湾口岸西广场。
