首先，要清楚了解该企业的性质及业务内容，这是审什么、怎么审的基础和出发点； 接着，根据业务特点，设置合理的审计目标，目标是过程还是结果，是全面还是重点； 然后，根据目标制定相应的审计程序，具体包括询证、盘存、核对、计算等等，并明确各项审计程序的目标和范围； 最后，实施审计程序，对涉及的相关资料进行收集，整理，分析，最后得出结论。
当然，任何项目都是有风险存在的，在项目执行过程中，需要合理评估风险，采取相应措施应对可能的风险，确保审计质量。 对于军工企业来说，其特殊性还在于需要考虑军事保密的要求，因此在开展现场工作时要格外注意。
另外，很多军工企业都会存在财务数据不及时的问题，这就需要审计人员加强沟通，及时催促，保证审计工作顺利开展。
佘紫碧优质答主对军工企业进行审计，要从财务收支审计、经济效益审计、经济责任审计三个方面着手进行。
（一）财务收支审计
财务收支审计是对军工企业一定期间内的财务收支情况及其结果进行全面系统的检查和审核，目的是对财务会计报表及其他经济资料反映的军工企业的财务状况和收支情况提供鉴定。在企业日常经营管理中，主要侧重于常规性审计，可以有针对性地选择那些比较集中、有代表性和容易取得审计证据的事项实施审计。一是查资金，查资金来源渠道、运用方向、是否按预算规定的范围和标准执行。检查银行账户管理是否按规定进行，有无出租、出借、转让给其他单位和个人使用，利用账户套取现金、转移资金的问题。二是查成本费用开支来源是否合规，标准是否符合规定。三是查预算和“收支两条线”管理。四是关注重大经营事项和重大经济活动。审计时，可按照大额资金审批制度和重大工程审核监督制度的要求，对资金使用、重大工程和大宗物资采购中的立项、论证、招标、施工、结算、验收等各个环节进行全过程审核监督，关注资金运作、工程质量和制度执行等情况，防止浪费和损失。
（二）经济效益审计
对军工企业经营管理活动的经济性、效率性和效果性进行审查评价，通过综合运用定量和定性分析，以确定其是否达到既定目标，促进军工企业管理水平不断提高和资产保值增值、优化配置与有效利用，使经济活动的投入产出水平不断得到改善。
（三） 经济责任审计
经济责任审计是在国有企业的经营管理者离任时，通过对有关财务管理和经济活动进行审核、分析，检查其在任期内执行国家法律法规和规章制度的情况，经营管理业绩的完成情况，以及存在的问题提出意见和建议等，是强化企业管理，完善干部离任制度和党风廉政建设的需要。要正确处理好经济责任审计与离任审计之间的关系，审计的重点是企业法人代表或其他经营管理人员在其任职期间履行经营管理责任的情况。
